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我科學家利用外切酶組合實現三維基因組學技術降噪

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  3月4日,《核酸研究(Nucleic Acids Research)》雜志在線發表中國農業科學院深圳農業基因組研究所動物功能基因組學創新團隊提出的一種利用外切酶組合降低三維基因組學系列技術(C-技術)噪音的新策略。

  據張玉波研究員介紹,近年來,染色質構象捕獲技術(C-技術)在三維基因組學中得到了非常廣泛的應用。3C、4C、5C和Hi-C等一系列C-技術應運而生,但普遍都存在較高的數據噪音。該研究篩選了一系列高效的外切酶組合,可以有效地消除線性DNA及后續測序結果中的噪音來源。在標準Hi-C中驗證發現,可以將鄰近連接后體系中的有效互作模板比例從約40%提高到約80%。該策略可以在不同的C-技術中加以應用,預期均會有效降低技術噪音。

  該研究得到國家青年特聘項目、國家自然科學基金、國家重點研發計劃、中國農科院科技創新工程和大鵬新區等項目資助。(通訊員 趙華)

  原文鏈接: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa106

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